El fundador del clan fue Nakatomi no Kamatari (614 - 669), un noble de clase baja, quien recibió el apellido Fujiwara por el Emperador Tenji.
Comenzaron a obtener posiciones políticas a mediados del período Asuka en el siglo VII, no obstante en el período Heian los miembros de la familia establecieron un régimen político en el que serían los asistentes más cercanos al Emperador de Japón por casi cuatro siglos, hasta que estalló la rebelión Hōgen en 1156, en donde los clanes Taira y Minamoto se enfrascan en un conflicto civil y agudizándose este en las Guerras Genpei entre 1180 y 1185.
Cuando Minamoto no Yoritomo se proclamó shōgun en 1192 el poder de los Fujiwara comenzó a decaer y se dividieron en cinco familias a inicios del siglo XIII: Konoe, Takatsukasa, Kujō, Nijō e Ichijō.
Estas cinco familias se repartirían los cargos de Sesshō y Kampaku, aunque con menor poder.
La influencia política del clan Fujiwara se inició durante el período de Asuka.
En 668 el emperador Tenji (reinó 668-671), otorgó el kabane Fujiwara no Ason (藤原 朝臣) a Kamatari.
En cambio, la influencia del clan provino de sus alianzas matrimoniales con la familia imperial.
Como resultado de estos vínculos familiares inusualmente fuertes, Michinaga nunca tomó el título de Kampaku: tenía más que el poder que traería el puesto, y no necesitaba el título.