Enseguida se dio cuenta del atraso en el que se hallaba su región natal y puso su fortuna al servicio de los revolucionarios próximos a Lenin.
Después de que los bolcheviques establecieran el gobierno soviético en Kokand, Jodzháyev intentó establecer un gobierno bolchevique similar en Bujará, sin embargo, subestimó a las fuerzas del emir Alim Khan y del clero islámico, por lo que sus simpatizantes fueron derrocados.
Mientras huía, fue capturado por el militar del Ejército Blanco Aleksandr Dútov, aunque luego fue liberado y trabajó en Moscú.
Veía a un nazir, o ministro, en cuclillas sobre una alfombra y dictando decretos a un escriba, que los escribía en caracteres persas antiguos en una tabla en equilibrio sobre sus rodillas.
Conocía a su gente, era un gran orador y era muy querido.
Aunque Jodzháyev todavía era presidente del Sovnarkom de la RSS de Uzbekistán, no estuvo presente en el 7° Congreso del Partido, y ni siquiera fue elegido delegado.