Se inició en las inferiores de Boca Juniors a los 14 años, cuando Ricardo Almada lo llevó al Xeneize.
En 2014 se desvinculó de Boca y pasó al disputar el Torneo Federal B con el Gutiérrez S.C., donde disputó una buena cantidad de juegos.
En el equipo dirigido tácticamente por Sergio Scivoleto lograron el ascenso al Torneo Federal A frente a Huracán Las Heras, el encuentro global finalizado empatado y desde el punto penal se definió la serie, uno de los goles anotado en la serie fue convertido por Facundo Cobos.
En el torneo siguiente, ya en una categoría superior luego de una agónica definición por el descenso, Facundo disputó su último partido en el conjunto de Gutiérrez Sport Club, para luego dar el salto de categoría y fichar en el Club Deportivo Godoy Cruz Antonio Tomba.
Con el conjunto paraguayo participó de la Copa Sudamericana y el torneo local, mientras que dos años después volvió a jugar en su país natal.