Su edificio mayor está situado en el barrio de la Aguada, en Montevideo.

El designado primer decano fue el doctor Suñer y Capdevila, en viejo edificio de la Universidad, en la calle Sarandí esquina Maciel.

Su realización estuvo a cargo del arquitecto Jacobo Vásquez Varela culminando las obras a fines de 1910; el edificio se inspira en la Facultad de Medicina de París.

El Hospital de Clínicas Dr. Manuel Quintela se encuentra situado en el octavo lugar a nivel de los hospitales latinoamericanos en la web y dentro del top 1000 de los hospitales a nivel mundial.

[5]​ La facultad está dirigida por un Consejo, el cual se integra por doce miembros, entre ellos: el Decano, cinco miembros electos por el orden docente (de los cuales tres, por lo menos, deben ser Profesores Titulares grado 5), tres por el orden estudiantil, y tres por el orden de egresados.