El primer médico graduado en la facultad en 1888 fue el Licenciado Julián Baires originario del Departamento de Santa Bárbara.
Sin embargo, no contaba con el equipo necesario para una enseñanza de buena calidad.
Materiales de laboratorio, pupitres, pizarras habían sido destruidos o robados.
Fue hasta que el presidente Miguel Paz Barahona, siendo médico, consigue apoyo económico y material para la facultad.
La Escuela de Medicina estaba ubicada en los predios que ocupa actualmente el edificio del Correo Nacional.
Cuando el Hospital General se trasladó a la zona conocida como San Felipe en 1926, la Facultad de Medicina, también trasladó su sede al mismo edificio, siendo decano, el doctor Manuel G. Zúñiga Posteriormente, durante el gobierno del doctor Juan Manuel Gálvez, se traslada a las facultades de Medicina, Odontología y Química y Farmacia, a Comayagüela Libertad, antigua sede del Ministerio del Trabajo.
En esos años, la universidad no tenía una sede en conjunto, sino que las facultades funcionaban en edificios diferentes.
En 1978 este año se trasladan los departamentos de Medicina Interna y Cirugía al moderno edificio contiguo al Hospital Materno Infantil, designándose toda el área hospitalaria como HOSPITAL-ESCUELA, incluyendo el Hospital Psiquiátrico de Agudos Dr. Mario Mendoza.