FL Studio guarda sus trabajos en su formato nativo .FLP (Fruity Loops Project) el cual suele tener conflictos con los proyectos de Adobe Flash con la misma extensión.
Por otro lado, tras adquirir una copia de FL Studio, se puede actualizar gratis cada vez que sale una nueva versión.
La versión 6.0 de FL Studio está compilada en Delphi 2005, todos los canales del mezclador se pueden utilizar como envíos, se pueden utilizar múltiples dispositivos MIDI y posee un nuevo motor de popups, entre otras características.
Entre los efectos que se incluye tenemos reverberación, chorus, flanger, ecualización, delay y otros.
Existen cuatro versiones disponibles para su compra, diferenciándose principalmente por la cantidad de plugins que se incluyen con la licencia.