El hijo mayor sucedió a su padre en la corte, y Ferdinand y Franz ganarían experiencia con Norbert Boccius (1729-1806), un practicante de Medicina con un cruce en Botánica.
Ferdinand y su hermano contribuyen con una serie de miniaturas botánicas, la primera cuando tenía 15 años.
Continuó su educación en la Universidad de Viena, bajo la supervisión del botánico y artista Nikolaus von Jacquin.
Fueron introducidos en el campo del microscopio, y cubrieron con talento los más pequeños detalles.
Bauer luego explora Australia con Matthew Flinders como dibujante botánico, recomendado por Joseph Banks.