En el otoño de 1937, se le permitió regresar a Austria, para entrar en la Academia Militar en Wiener Neustadt.

Se convirtió en el primero los Habsburgo, desde la abolición de la monarquía, en hacer una carrera como oficial en el ejército austríaco.

Durante la Segunda Guerra Mundial, mientras se encontraban en los Estados Unidos, Félix y su hermano Carlos Luis se ofrecieron a servir en el Batallón de Infantería 101a conocido como el "Batallón de Libre Austria".

[3]​ Félix paso casi la totalidades de la Segunda Guerra Mundial en los Estados Unidos siendo consejero privado del presidente Norteamericano Roosvelt para asuntos relacionados con Europa Central.

Durante su tiempo en el exilio archiduque Félix vivió en Portugal, Bélgica, México y Estados Unidos.