Sin embargo, el celo mostrado como inquisidor general le granjeó muchos enemigos, incluyendo el rey Pedro IV de Aragón, por perseguir a los lulistas.Pedro IV intentó que se retirara a Aymerich del puesto en 1360, cuando la Inquisición interrogó al espiritualista franciscano Nicolás de Calabria.Aymerich también ordenó atravesar la lengua de los blasfemos con un clavo (Piercing) para que no blasfemaran más.Sobre la tortura escribió: «Questiones sunt fallaces et inefficaces», «Los interrogatorios son engañosos e inconcluyentes».Sin embargo, no confirmó a Ermengaudi como vicario general, optando por un tercero neutral, Jacopo Dominici.El conflicto terminó cuando en 1376 el gobernador local tomó a 200 caballeros y rodeó el monasterio dominico en el que residía Aymerich.Pedro IV murió en 1387 y fue sucedido por su hijo, Juan I, que reconoció la autoridad de Aymerich como Inquisidor General.Juan I intervino para liberar al secretario de la ciudad, que había sido encarcelado.Permaneció en Aviñón tras la muerte de Clemente en 1394, apoyando por escrito al sucesor, el antipapa Benedicto XIII.Más tarde dedicaría su Tractatus contra doctrinam Raymundi Lulli a Clemente VII.El apellido, además de Aymerich, se puede encontrar como Eymerich, Eymeric, Emeric, Aimery, y Eimeric.El novelista italiano Valerio Evangelisti ha escrito diversas obras de ciencia ficción en la que aparece Aymerich como protagonista.
Placa de Nicolau Eimeric en el convento de ''Sant Doménec de Girona''
