[17]​ El Consejo de Ministros estableció un procedimiento para dar trámite jurídico a la exhumación, dar audiencia a la familia y otros interesados, y determinar el lugar de la inhumación.

Nombró como instructora del expediente a Cristina Latorre Sancho, diplomática y Subsecretaria de Justicia, en ese momento.

[20]​ En septiembre de 2019 el presidente de la Sección Cuarta de la Sala de lo Contencioso Administrativo del Tribunal Supremo, Jorge Rodríguez-Zapata, junto con los magistrados Segundo Menéndez, Pablo Lucas (ponente), Celsa Pico, Pilar Teso y José Luis Requero resolvieron los recursos interpuestos determinando todo el procedimiento como adecuado, incluida la utilización del instrumento del real decreto ley para la exhumación.

[21]​ Pese a la posición del Vaticano de no interferir, el prior de la abadía, Santiago Cantera, mostró en un primer momento sus intenciones de desacatar la sentencia del Tribunal Supremo y afirmó que no autorizaría el acceso a la basílica,[22]​ amparándose en el tratado internacional entre España y el Vaticano firmado en 1979, que prohíbe a las autoridades civiles entrar en lugares de culto religiosos católicos sin permiso del Vaticano.

El Gobierno intentó infructuosamente negociar con la familia Franco la exhumación del dictador.

[24]​[24]​[23]​ El Tribunal Europeo de Derechos Humanos de Estrasburgo desestimó las medidas cautelares para parar la exhumación y tanto el Tribunal Constitucional como el Tribunal Supremo desestimaron los recursos presentados por los representantes de los Franco para evitar la exhumación.

Anteriormente, el prior Santiago Cantera había oficiado un responso.[n.

[29]​ Momentos previos a la llegada del los restos del dictador Franco, se sumó Antonio Tejero (guardia civil expulsado del cuerpo tras su implicación directa en el golpe de Estado de 1981), que fue recibido con vítores de "Gloria y honor" y otros similares.