En esta fecha fue designado Director del Instituto de Fitotecnia, ya organizado en la órbita del Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA), cargo que ocupó en dos períodos durante veinticuatro años(1960-1974; 1976-1989).
Simultáneamente con su labor de investigación cumplió una destacada actividad docente, tanto en el país como en el extranjero.
Superviso personalmente las obras del nuevo edificio construido especialmente para la biblioteca inaugurada en 1975 y que lleva el nombre de quien fuera su compañero, el Ingeniero Agrónomo y especialista forestal, Carlos H. Barderi[4] Los temas de investigación abarcados por Favret han sido realizados en gran medida en cereales.
Hacia fines de los años sesenta, el Ing. Favret obtuvo un mutante inducida en cebada con resistencia no específica al oídio que denominó ml-o.
Este gen fue transferido posteriormente a variedades comerciales, principalmente en Europa, las que continúan siendo resistentes en la actualidad, confirmando su carácter no específico.
Este tema es analizado actualmente en muchos laboratorios en el mundo y los avances logrados recientemente en los aspectos moleculares, así como en la clonación de genes, han creado las bases para producir un impacto en la biología y la fitotecnia en un futuro cercano.
El aporte del Ing. Favret en esta área comenzó en 1970, cuando propuso los primeros sistemas de regulación en cebada y trigo, mediados por la giberelina.