Tal implantación se presupone que va seguida por la multiplicación y producción en los tejidos de colonias del agente etiológico (gránulos).
Por examen microscópico, tales gránulos aparecen cubiertos por un material proteico eosinofílico, más claramente discernible en la periferia, que representa la reacción hística del huésped.
En la región inmediata a la lesión, esta reacción hística es característicamente supurativa, aunque en la periferia pueden apreciarse granulomas y células gigantes.
El micetoma puede ser causado por bacterias del filo Actinomycetes, o por hongos (Eumycetes) en cuyo caso es denominado eumicetoma.
Dado que los raspados superficiales casi siempre están contaminados por bacterias u hongos menos patógenos, es mejor utilizar material de biopsia para los cultivos.
No se ha demostrado que el control de los microorganismos causantes en el suelo sea útil ni posible.