En paralelo, comenzó a escribir en las revistas Mensaje, Apsi, Análisis y Hoy.

Junto con José Bengoa, Rodrigo Vera y Francisco Vergara, fundó la organización no gubernamental SUR, volcada a la investigación y el apoyo de los nuevos movimientos sociales.

En 1983 volvió a París a realizar un doctorado en sociología en la Escuela de Altos Estudios en Ciencias Sociales (EHESS), bajo la tutela de Alain Touraine.

Su tesis de doctorado, Autoritarismo, modernización y marginalidad, pretendió hacer una «sociología del Pinochetismo».

En paralelo creó, junto con Juan Gabriel Valdés (ILET) y Mariano Fernández (CED), un grupo llamado CIS, que se abocó desde 1986 al diseño de una estrategia para derrotar a Pinochet en el plebiscito nacional de Chile de 1988.

En el CIS participaron también Guillermo Campero, Javier Martínez, Carlos Vergara y Eugenia Weinstein.

Mantuvo una estrecha interacción con los dirigentes políticos de la oposición para conseguir que estos aprobaran la estrategia de participar en el plebiscito con un mensaje pacífico e integrador, y se unieran en una coalición amplia para superar la polarización que desembocó en el golpe militar de 1973.