El ferrocarril gubernamental procedente desde Kōbe alcanzó Kioto el 5 de septiembre de 1876, pero la estación se encontraba en construcción y se habilitó una estación temporal llamada Ōmiya-dōri (Calle Ōmiya).[2] Originalmente las instalaciones pertenecieron a la Japanese Government Railways (JGR), compañía controlada directamente por el Gobierno japonés.[3] A diferencia de otras ciudades niponas, Kioto y su estación no fueron bombardeadas por las Fuerzas aéreas norteamericanas durante la Segunda Guerra Mundial.En 1949 la estación quedó integrada en la red de los nuevos Ferrocarriles Nacionales Japoneses (JNR).Por otro lado, el Metro de Kioto también posee un enlace con la estación, concretamente el numerado K11 que pertenece a la Línea Karasuma.
La tercera Estación de Kioto, a comienzos de los años 90.