El nombre de la línea proviene del Lago Biwa (琵琶湖, Biwa-ko?
), debido a que la ruta transcurre junto al lago.
En realidad, el tramo se iba a llamar "línea Kioto" hasta Maibara.
El movimiento pedía un nombre propio para la prefectura, por lo que se decidió llamar "línea Biwako" al tramo entre Maibara y Kioto.
Central Japan Railway Company (JR Central) usa su nombre oficial "Línea Principal Tōkaidō" para la sección de JR West en las conexiones de Kioto y Maibara.