La construcción corrió a cargo de la Tharsis Sulphur and Copper Company Limited, empresa británica que poseía varias minas en la zona y buscaba dar salida al mineral extraído.
En 1888 se inauguró un nuevo trazado que enlazaba la vía general del ferrocarril de Tharsis con la mina de La Zarza, levantándose años después una estación que se denominó «Empalme» en clara referencia a su cometido.
El ramal Empalme-La Zarza fue cerrado al tráfico en 1991, siendo clausurado definitivamente un año después.
[3] El trazado sería desmantelado algunos años después para permitir la construcción de una carretera en la zona.
El edificio principal de la estación se construyó en 1933, si bien con anterioridad ya existían varias edificaciones.