La impronta más antigua conservada se halla en un sello céreo del año 1282 preservado en el Archivo Histórico Nacional.

El castillo está surmontado por un aspa o sotuer de oro, y este a su vez, por una cruz patriarcal de plata.

[1]​ El escudo así blasonado corresponde con las armas que generalmente usa el municipio al menos desde la década de los ochenta del siglo xx, e incluye un intercambio en las posiciones de las cruces con respecto a la principal de sus versiones tradicionales;[2]​ un error basado en el desconocimiento de la significación de los muebles de estas armas, que constituyen en realidad dos símbolos distintos puestos en relación:[3]​ De aquí tanto el patronazgo del apóstol sobre la ciudad, como la presencia de las llaves cargadas sobre las hojas de la puerta; pues la visión milagrosa de la cruz patriarcal flotando sobre el alcázar supuso para los castellanos la «clave» que aseguró la posesión del mismo.

En cualquier caso, en todas estas versiones cada uno de los dos símbolos mantiene su integridad mientras dialoga con el otro, constituyendo así una inteligible expresión heráldica de la «historia» con la que se identificó la ciudad para acuñar su armas.

La inscripción Nido Real de Gavilanes del blasón de Baeza hace referencia a la toma de Baeza a los sarracenos por el rey Fernando III en el S.XIIIː[7]​[8]​ Vide la Cruz milagrosa Con dos llaves argentadas Y las puertas zafiradas Sobre sangre generosa; Soy Baeza la nombrada, Nido real de gavilanes; Tiñen en sangre la espada De los moros de Granada