En 1644, después de que se firmase el tratado denominado Liga y Pacto Solemne (en inglés, The Solemn League and Covenant) con el parlamento de Inglaterra, la mayor parte de las fuerzas armadas Covenanters fueron enviadas al sur para que luchasen en el bando parlamentario durante la revolución inglesa.

[2]​ Sin embargo, en algunas partes de Escocia se continuó apoyando al rey, especialmente en los highlands (Tierras altas escocesas) y en el noreste del país.

Los Covenanters estaban comprometidos a establecer el presbiterianismo como la religión nacional de Escocia, a pesar de que mucha gente en el norte y en los highlands eran episcopalistas y católicos.

En 1644, Montorose intentó y fracasó liderar un alzamiento Realista, después de que se le hubiese otorgado un ejército listo para el combate.

La confederación de irlandeses católicos estaban alineados con los Realistas, y accedieron ese año enviar una expedición a Escocia.

El nuevo ejército Realista dirigido por Montrose y MacColla era en cierto sentido extraordinario.

Finalmente, a pesar de que vencieron en varias batallas sucesivas, los Realistas escoceses no pudieron mantener el territorio en sus manos luego de haberlo tomado, retirándose cada vez más, y refugiándose en las sierras.

Poco después, otra milicia Covenanter tuvo el mismo destino en las afueras de Aberdeen.

Imprudentemente, Montrose permitió a sus hombres el saqueo de Perth y Aberdeen, después de haberlas tomado, causando la hostilidad hacia sus tropas en una zona donde la simpatía hacia los Realistas había sido fuerte.

Las tropas de Montrose, en particular los hombres del Clan Donald y los Confederados Irlandeses, ganaron una mala reputación entre la población escocesa.

Habían cometido una serie de atrocidades contra los civiles, especialmente durante su campaña en el territorio Campbell en Argyll.

Entre los más importantes clanes que se unieron al bando Realista, estaban los Gordon, los cuales les proporcionaron una caballería.

Otro ejército Covenanter se formó apresuradamente bajo el comando de John Urry y fue enviado contra los Realistas; sin embargo, fue derrotado en Auldearn, cerca a Nairn.

A finales de 1645, algunas ciudades importantes como Dundee y Glasgow cayeron bajo su dominio.

La primera Revolución inglesa había concluido en mayo de 1646, cuando Carlos I se rindió al ejército Covenanter escocés en Inglaterra.

Aquellos que combatieron para Montrose, particularmente los irlandeses, fueron masacrados por los Covenanters cuando fueron capturados, en represalia por las atrocidades cometidas por los Realistas en Argyll.

Muchos Covenanters temían que bajo el dominio del parlamento, "su pobre país se convirtiese en una provincia de Inglaterra".

Una facción de los Convenaters conocida como los Engagers, que estaba bajo el mando del Duque de Hamilton, envió un ejército a Inglaterra para intentar restablecer en el trono a Carlos I durante 1648.

Los Covenanters extremos, que aún estaban bajo el liderazgo de Argyll, se convirtieron en la fuerza más poderosa del reino.

La amenaza impuesta por el rey Carlos II y sus nuevos aliados Covenanters fue considerada la más grande enfrentada por la nueva república inglesa, así que Oliver Cromwell dejó a algunos de sus tenientes en Irlanda para que prosiguiesen con la represión hacia los irlandeses Realistas y regresó a Inglaterra en mayo.