Cuando se llevó a cabo su reconversión en templo católico, en el año 1535, en un primer momento se utilizó como ermita destinada a la catequesis de los musulmanes conversos de la ciudad.
[2][3][4][5] Con el paso del tiempo esta ermita inicial ha ido sufriendo numerosas intervenciones y rehabilitaciones hasta llegar a su estado actual.
[2][3] Ya en el siglo XX, finalizada la guerra civil, tras haber sido utilizada la ermita durante el conflicto bélico como sede de una logia masónica, se pasa a reformarla.
Como puede comprenderse todas estas intervenciones a lo largo de su historia han hecho que su estructura actual tenga poco parecido con la ermita inicial.
[2][3][4] Esta ermita recibe muchos visitantes sobre todo los lunes, debido a la existencia de la tradición de las “caminatas a San Nicolás”, según la cual, si se realizan tres caminatas seguidas durante tres lunes consecutivos, el santo otorga un favor.