También tuvo gran influencia militar, inventando e implementando diversas y muy importantes tácticas de batalla.

[5]​ Por último, el papel de Epaminondas en los conflictos del siglo IV a. C. también es descrita por Diodoro Sículo en su obra Biblioteca histórica, pero Diodoro escribió en el siglo I a. C., y también es una fuente muy secundaria,[6]​ aunque útil para corroborar los detalles que aparecen en otras fuentes.

Plutarco dice que este indidente pudo cimentar su amistad, y Pelópidas se convertiría en el compañero político de Epaminondas durante los siguientes veinte años.

Plutarco recoge que los legisladores tebanos instituyeron la práctica para «atemperar las formas y el carácter de los jóvenes».

Una vez dentro, asedió Cadmea (la acrópolis tebana), y forzó al partido anti-espartano a huir de la ciudad.

Seguidamente se envió un nuevo ejército comandado por el diarca espartano Agesilao II para someter a la ciudad.

Los tebanos, sin embargo, decidieron no enfrentarse directamente al ejército espartano en el campo de batalla, y construyeron una trinchera y una barricada en las afueras de Tebas, tras la que se parapetaron, evitando el avance espartano contra la ciudad.

[31]​ En el año 371 Atenas y Esparta volvían a estar preocupadas por la guerra, por lo que tuvo lugar una nueva conferencia de paz.

Se llegó a un acuerdo de paz, y presumiblemente los tebanos habrían firmado el tratado en su propio nombre.

[36]​ Durante el transcurso de la batalla, Epamindondas pondría en práctica tácticas militares no vistas hasta entonces en la historia bélica griega.

[37]​ Al preparar a sus tropas para la batalla, Epaminondas utilizó una estrategia que no se había visto nunca en las tácticas de guerra griegas.

La formación de falange utilizada por los ejércitos griegos tenía tendencia a trasladarse hacia la derecha durante la batalla, porque «el miedo hace que cada hombre haga lo posible para escudar su lado descubierto con el escudo del hombre situado a su derecha».

Dado que el número de espartiatas fue siempre relativamente pequeño, Esparta había necesitado a sus aliados para poder formar ejércitos lo suficientemente grandes.

Además, debido a la pérdida de hombres en Leuctra y en otras batallas, los espartanos no estaban en una posición lo suficientemente fuerte como para reafirmar su dominio sobre sus antiguos aliados.

El ejército tebano llegó a finales de 370 a. C., dirigido por Epaminondas y Pelópidas, siendo ambos beotarcas en ese momento.

Más al sur cruzó el río Eurotas, frontera de Esparta, que ningún ejército hostil había llegado a atravesar antes en la historia.

[59]​ En su vuelta a casa, Epaminondas no se encontró con una bienvenida propia de un héroe, sino con un juicio preparado por sus enemigos políticos.

El jurado rompió a reír, se retiraron los cargos, y Epaminondas fue reelegido Beotarca al año siguiente.

[61]​ En 369 a. C. Argos, Elea y Arcadia volvieron a solicitar el apoyo tebano para continuar con su guerra contra Esparta.

Cuando volvió a Tebas de nuevo se encontró con un juicio, y una vez más fue declarado inocente.

[64]​ Este año sirvió en el ejército como simple soldado cuando el ejército marchó hacia Tesalia para rescatar a Pelópidas y a Ismenias, que habían sido hechos prisioneros por Alejandro de Feras mientras actuaban como embajadores.

Cuando estos exiliados recuperaron el control de las ciudades, no volvieron a “adoptar una postura intermedia”».

[70]​ Sin embargo, ya en el año 371 la asamblea ateniense había reaccionado ante las noticias de Leuctra con un silencio sepulcral.

Al tener conocimiento del hecho de que los espartanos habían enviado una gran fuerza militar hacia Mantinea, hasta el punto de que la propia Esparta había quedado casi indefensa, Epaminondas planeó un audaz ataque contra la propia Esparta.

En la batalla entre los hoplitas hubo un breve equilibrio inicial, pero luego los tebanos lograron romper las líneas espartanas, y la falange enemiga completa fue puesta en fuga.

Diodoro sugiere que uno de sus amigos exclamó «Mueres sin descendencia, Epaminondas» y rompió a llorar.

Cornelio Nepote resalta su incorruptibilidad, describiendo el rechazo de un embajador aqueménida que se presentó para ofrecerle un soborno.

[90]​ Según Richard A. Gabriel, sus tácticas «marcaron el comienzo del final de los métodos bélicos tradicionales griegos».

[95]​Las acciones de Epaminondas fueron sin duda bienvenidas por los mesenios y por otros a los que ayudó en sus campañas contra Esparta.

Simon Hornblower defiende que el gran legado que Tebas aportó al siglo IV a. C. y a la Grecia Helenística fue el federalismo, elaborado como un tipo de alternativa al imperialismo, una forma de conseguir la unidad sin la fuerza.