Esta especie se basa en el espécimen tipo u holotipo BPV-078, un esqueleto incompleto y el cráneo.

Dicho cráneo, que incluye una gran cresta, era desdentado y muy similar al de Pteranodon.

A pesar de sus similitudes con Pteranodon, Eopteranodon no fue clasificado en una familia por sus descriptores, quienes lo situaron en el clado Pteranodontia como un incertae sedis (de posición incierta).

[2]​ Un análisis adicional de otras formas recientemente descubiertas, en 2006 aún lo consideraba como un azdarcoide basal (habiéndose separado antes que otros miembros del grupo), ayudando a los autores originales, junto con David Unwin, a colocar a estas especies junto con Eopteranodon en una nueva familia, Chaoyangopteridae, el posible grupo hermano de la familia Azhdarchidae.

[3]​ El siguiente cladograma sigue un análisis de 2018 publicado por Longrich y colaboradores.