Fungió como rector de la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla (BUAP), primero con carácter interino para el período 2004-2005, y después, con carácter estatutario para los periodos 2005-2009 y 2009–2013.
Agüera Ibáñez se graduó como licenciado en Administración Pública por la BUAP en 1986.
[8] En 2010 se reveló a través del noticiero de Denise Maerker que había adquirido varios inmuebles como casas, ranchos y hoteles a través de prestamistas y familiares cercanos en Puebla, Veracruz y Quintana Roo.
Esto se calificó en la investigación periodística como "enriquecimiento inexplicable".
En la inauguración del estadio universitario de la BUAP se presentó Brenda Agüera, hija del entonces rector, después de otros músicos mexicanos como Kalimba, La Arrolladora Banda El Limón y Yuri.