En el mismo año fue nombrado como Patriarca Latino de Alejandría, una posición que ocupó hasta 1587.[4] En 1589 dirigió la misión diplomática papal a Francia, para defender la posición de la iglesia católica durante las guerras francesas de la religión, fue acompañado por Lorenzo Bianchetti,[5] Roberto Belarmino,[6] y otros en una delegación fuerte.[7] En marzo de 1590, presidió una ceremonia en la que las milicias y funcionarios de la ciudad tomaran un juramento para defender París contra Enrique.[8] Bendijo, en mayo, las fuerzas monásticas planteadas por Guillaume Rose para la defensa.[9] Después de la muerte de William Allen en 1594, no había ningún candidato aceptable en general como sucesor para dirigir la misión Inglés.
