El proceso conlleva grandes riesgos ya que puede provocar sepsis, desequilibrio electrolítico grave, colitis, proctocolitis, ardor interno, perforación rectal e incluso abscesos cerebral o insuficiencia cardíaca.

Max Gerson propuso que los enemas de café tenían un efecto positivo en el tracto gastrointestinal.

Esto, dijo, estimula el sistema nervioso autónomo de la misma manera que la cafeína consumida por vía oral y activa la liberación de bilis en el hígado, limpiando aún más el tracto gastrointestinal y eliminando más toxinas que un enema normal.

[8]​ Gerson afirmaba tratar el cáncer a través de la desintoxicación hepática e intestinal mediante propiedades en el café: el kahweol y el cafestol presentes como grupos químicos en el café mejorarían la actividad de la glutatión (GSH) S-transferasa (GST), una enzima antioxidante importante que neutraliza los radicales libres en un 600 % para 700 %.

[12]​[13]​ Los enemas de café pueden causar efectos secundarios graves (algunos comunes a otros tipos de enemas), que incluyen infecciones, sepsis, desequilibrio electrolítico grave, colitis, proctocolitis, salmonella, absceso cerebral e insuficiencia cardíaca.