La ciudad es la localidad más habitada del municipio homónimo y también es la cabecera municipal de este.

[6]​ A Empalme también se le conoce comúnmente como la "Ciudad Jardín".

Su nombre se da después de haber sido llamado en sus primeros años "Junction", unión en español, interpretándolo también como Empalme, gracias al empalme de las dos vías férreas antes mencionadas.

El asentamiento se fundó en ese lugar de entronque entre ambas vías.

El Ejército Federal se encontraba en Empalme, porque el general, para no transitar por ahí, construyó una vía entre Maytorena y Cruz de Piedra, sin que el Federal se diera cuenta, logrando Obregón llegar a Culiacán y vencer al cuartel federal de ahí.

Aquí se dio el primer bombardeo aeronaval del mundo, cuando Obregón contrató al aviador francés Diddier Masson, con el fin de bombardear a unos cañoneros federales en el Estero El Sabueso, entre Empalme y Guaymas, acto que falló en un primer intento ya que sólo rozó a un solado, cuando se quiso realizar un segundo intento, la tropa federal ya había abandonado el estero.

[13]​[14]​ En el año de 1924 el famoso comediante del cine mudo inglés Charles Chaplin escogió a Empalme como lugar para llevar a cabo su ceremonia de boda con la actriz estadounidense Lita Grey.

Se sitúa en el territorio oeste de su municipio, el cual limita al oeste, norte y este con el municipio de Guaymas, y al sur con el golfo mencionado.

Al sur del territorio se encuentra la Isla Barra Morro Inglés, el Estero Cóchore, y las playas de Cochórit.

[18]​ La ciudad se encuentra en la Zona Metropolitana de Guaymas, una conurbación entre las ciudades de Heroica Guaymas, Empalme y San Carlos y otras poblaciones menores.

La infraestructura hidráulica se integra con pozos y canales de riego.

Existen dos parques industriales en Empalme en los cuales se ubican 26 empresas, que incluyen al grupo de maquilas Teta Kawi que se ha convertido en la principal fuente de empleo en la ciudad y sus alrededores.

También, Empalme Sonora es la cuna del equipo de futbol Infanto-Juvenil Halcones FC.

Martin Camargo: Trabaja La ciudad de Empalme tiene Hermanamientos con las siguientes ciudades alrededor del mundo