En 1990 ingresó como redactor en la revista Arquitectura y fundó un estudio propio junto a Luis Moreno Mansilla, Mansilla + Tuñón Arquitectos.

UU. y del Princeton University School of Architecture.

[1]​[2]​ En 2014 le fue concedida la Medalla de Oro al mérito en las Bellas Artes por el gobierno de España.

El Jurado del Premio de Arquitectura Española Internacional 2017, el día 31 de octubre, decidió otorgar el Premio 2017 en la categoría arquitectura al Gastropabellón ETH Hönggerberg en Zúrich de Emilio Tuñón Álvarez y Marceline Ruckstuhl - del EstudioTuñón & Ruckstuhl Architects GMBH Según el Jurado: "La propuesta del Gastropabellón, mediante una contención estilística y una implantación respetuosa con el entorno, presenta una relación precisa y estrecha entre forma arquitectónica y constitución material, con una organización funcional clara, sencilla y flexible, y una ambientación interior confortable y acogedora, uniendo lo doméstico y sensible a la percepción del panorama.

"[3]​ En el año 2022 fue reconocido con el Premio Nacional de Arquitectura.