Fue organizador de cuerpos rurales formados por exmaderistas que pelearon contra Orozco como "irregulares" en la División del Norte.
En 1913 continuó operando en Coahuila, Chihuahua, Durango y Zacatecas, alcanzando el grado de teniente coronel en las filas villistas combatiendo a Venustiano Carranza.
En 1914 reconoció al gobierno de la Convención de Aguascalientes, y al ser vencida ésta, Emilio Madero se vio obligado a exiliarse a los Estados Unidos por varios años.
En 1947 se le reconoció como Veterano de la Revolución, perteneciendo a la Legión de Honor Mexicana, y en 1961 al ser nombrado general de división causó baja del servicio activo.
Emilio Madero estuvo casado con Mercedes Belden Gutiérrez, originaria de Nuevo Laredo, Tamaulipas, y juntos procrearon 4 hijos, entre ellos Pablo Emilio Madero Belden.