Debido a esta infidelidad, Emilia y sus hermanos, Ana y Mauricio, fueron apartados de su madre y se fueron a vivir con su tío, Juan VI de Nassau-Dillenburg, en Dillenburg.

Mauricio se oponía firmemente al matrimonio, porque los Nassau eran calvinistas y Don Manuel era católico.

Con el tiempo se hicieron las paces, y ella y Don Manuel se encontraban junto al lecho de muerte de Mauricio.

Emilia y su marido tuvieron ocho hijos.

Emilia se fue a Ginebra con sus hijas, donde murió tres años más tarde, a la edad de 59 años.