La Eliminatoria a la Eurocopa Sub-16 1999 contó con la participación de 49 selecciones infantiles de Europa para definir a los 15 clasificados a la fase final del torneo a celebrarse en la República Checa junto al país anfitrión.
Los partidos se jugaron en República de Macedonia.
Los partidos se jugaron en Bélgica.
Los partidos se jugaron en Luxemburgo.
Los partidos se jugaron en Islas Feroe.