La electroforesis nativa es aplicable para la detección en el mismo gel de proteínas con marcadores fluorescentes y por ensayos de actividad enzimática en el mismo gel (zimogramas).
Sin embargo, esta metodología es posiblemente las más utilizada de todas (aunque no la mejor) para determinar las interacciones entre las proteínas.
BN-PAGE es una técnica que utiliza Azul de Coomassie en vez de detergente SDS (que desnaturalizará las proteínas) en el buffer catódico, esto es necesario para otorgar una carga negativa a la proteína o el complejo en estudio.
[2] Las principales desventajas de esta métodologia es que se romperán las interacciones proteína-proteína si no son fuertes disociando los complejos proteicos existentes.
Sin embargo, algunos complejos se mantendrán estables y migrarán exclusivamente sobre la base de su peso molecular.