El joven Robert Cole (Tom Payne) queda huérfano tras la muerte de su madre por apendicitis (a la que llaman «enfermedad del costado»).

Decidido a aprender la profesión, Cole emprende el camino hacia la madrasa de Avicena en Isfahán.

Una vez en Isfahán y tras varios vaivenes, Avicena le enseña tanto medicina científica como filosofía.

Mientras, Rebecca comete adulterio con él, siendo sentenciada a lapidación mientras que Cole es acusado de nigromancia ya que fue pillado in fraganti diseccionando un cadáver, Avicena se ve arrastrado también al ser mentor de Cole y ambos son condenados a muerte por un tribunal conformado por el ulema de la ciudad; Cole confiesa desesperado su tapadera, clamando no ser judío sino cristiano y que ni ellos ni Avicena merecen la injusticia de ser perseguidos por sus ideas o religiones, pero los mulás deciden no creerle, el Shah, quien ya había felicitado a Cole y Avicena por sus esfuerzos frente a la epidemia ahora sufre la Enfermedad de costado y rescinde la condena, Cole, ya que es el único que ha visto lo que provoca la enfermedad opera al Shah con el apoyo de Avicena y algunos amigos Judíos extirpándole el apéndice con éxito sin embargo, ya que los Selyúcidas están a las puertas de la ciudad el Sol del Estado decide encontrar la muerte en el fragor de la batalla y no postrado en una cama, por otro lado Rebecca es declarada bajo protección del Shah y por ende quienes iban a lapidarla no la pueden tocar.

Las máximas autoridades islámicas en todo ese tiempo estuvieron adoctrinando que las nuevas ciencias de habían traído el "castigo divino" por considerarlas una nigromancia, lo que genera revueltas contra el Shah, cuyos partidarios son masacrados por los ulemas y los mulás, tras lo que se mata y expulsa a los judíos, los médicos y alumnos de la madraza, que es destruida, el Shah se lanza al frente de una carga de caballería contra los Selyúcidas, la batalla resulta en victoria para los últimos y la muerte del Shah en combate.