Todo el territorio de Del Nayar se encuentra cubierto por el extremo meridional de la Sierra Madre Occidental por lo que su superficie es completamente accidentada y le da además su principal característica, pues sus serranías han definido la relación del municipio con el resto del estado de Nayarit, las montañas representan el 81.77% de la superficie del municipio, mientras que valles son únicamente el 13.49% del territorio, el resto lo forman lomeríos y cañadas;[5] la mayor elevación del municipio es el Cerro Dolores que alcanza 2,460 metros sobre el nivel del mar, que lo hacen el tercero más elevado de Nayarit, además se encuentra la Sierra Los Huicholes con 2,400 m s. n. m. y la Sierra El Nayar con 2,200 m s. n. m.[6] Por el territorio del municipio descienden desde la sierra de los vecinos estado de Durango y Jalisco grandes ríos que por su importante caudal son aprovechados en presas hidroeléctricas, el principal es el río San Pedro Mezquital que irriga un aproximado al 62% del territorio del municipio y proviene del estado de Durango, irriga el noroeste del territorio y desciende posteriormente hacia el municipio de Rosamorada, el segundo es el río Huaynamota que desciende en sentido norte-sur desde el estado de Durango atravesando todo el municipio, hacia el sur del territorio tuerce hacia el oeste y se une al río Grande de Santiago, el río Huaynamota también recibe en el municipio las aguas de los ríos Jesús María Santiago y Atengo, desde el sureste y hacia el noroeste se encuentra el Río Grande de Santiago que señala los límites municipales de Del Nayar con Tepic y Santa María del Oro, en el oeste del municipio se localiza la Presa de Aguamilpa, sobre este río, compartiéndola con el municipio de Tepic.[7] El municipio se encuentra cubierto por tres diferentes cuencas hidrológicos, el noroeste está cubierto por la Cuenca del Río San Pedro que forma parte a su vez de la Región hidrológica Presidio-San Pedro; el suroeste del territorio está cubierto a su vez por la Cuenca del río Santiago-Aguamilpa y todo el resto del territorio forma la Cuenca del río Huaynamota, ambas forman parte de la Región hidrológica Lerma-Santiago.[8] El clima del municipio está determinado por las diferencias de altitud de las serranías, la mayor parte del territorio, sobre todo al extremo sur y en las regiones más bajas en dirección noroeste, el clima es Cálido subhúmedo con lluvias en verano, hacia el noroeste, el noreste y sureste, en las zonas de elevación media, el clima es Semicálido subhúmedo con lluvias en verano, y en las regiones más elevadas del norte y noreste, el clima es Templado subhúmedo con lluvias en verano;[9] la temperatura medial anual sigue exactamente el mismo patrón, las zonas bajas tiene un promedio entre 22 y 26 °C, la zona media 18 a 22 °C y las zonas más elevadas de 16 a 18 °C, además existen dos pequeñas zonas aún más elevadas donde el promedio es inferior a 16 °C, y por el contrario, en la rivera del río Grande de Santiago al suroeste, la temperatura media anual es superior a los 26 °C;[10] la precipitación media anual de la zona este y suroeste es 800 a 1,000 mm, la zona sureste y una franja del noroeste tiene un promedio de 1,000 a 1,200 mm, finalmente la zona más occidental del municipio tiene un promedio de 1,200 a 1,500 mm.Lo que hoy es el municipio Del Nayar era originalmente una subprefectura del Territorio de Tepic, denominada como Subprefectura de La Sierra, siguió como tal al constituirse el estado de Nayarit en 1917, finalmente en 1939 por decreto del gobernador Juventino Espinosa Sánchez se creó el municipio, aunque sería hasta el año de 1944 en que recibió oficialmente el nombre El Nayar y su cabecera municipal se fijó en Jesús María.El gobierno del municipio le corresponde al ayuntamiento, que está integrado por el presidente municipal, un síndico y el cabildo formado por siete regidores, cinco electos por mayoría relativa y dos por el principio de representación proporcional; el ayuntamiento es electo para un periodo de tres años no renovables para el periodo inmediato pero si de forma no continua y entra a ejercer su cargo el día 17 de septiembre del año de su elección.
