Existen diferencias doctrinales respecto al Espíritu Santo en las distintas confesiones cristianas.
En Romanos 8:26-27, Pablo dice: Del mismo modo, el Espíritu nos ayuda en nuestra debilidad.
Y el que escudriña los corazones sabe cuál es la intención del Espíritu, porque intercede por los santos según la voluntad de Dios.
A diferencia de la Iglesia católica y del cristianismo occidental en general, la Iglesia ortodoxa no adopta el uso de la Filioque ("y el Hijo") al describir la procesión del Espíritu Santo.
[11] Doctrina ortodoxa respecto a la Santísima Trinidad se resume en el Símbolo de la fe (Credo niceno-constantinopolitano).
La Iglesia Asiria de Oriente también conserva la fórmula original del Credo sin el Filioque.
Aunque el Espíritu Santo es reconocido como Dios en todas las confesiones principales, se le da un énfasis particular en las iglesias pentecostales.
Los grupos con teología Unitario como los Socinianos polacos, el Iglesia Unitaria del siglo XVIII y los Cristadelfianos conciben al Espíritu Santo no como una persona sino como un aspecto del poder de Dios.
[15] Cristadelfianos creen que la frase Espíritu Santo se refiere al poder, la mente o el carácter de Dios, dependiendo del contexto.
El Pentecostalismo unicitario, al igual que otros grupos modalista, enseñan que el Espíritu Santo es un modo de Dios, en lugar de una persona distinta o separada del Padre.
[18] Estos dos títulos "Padre" y "Espíritu Santo" (así como otros) no reflejan "personas" separadas dentro de la Divinidad, sino más bien dos formas diferentes en las que el único Dios se revela a sus criaturas.
Más bien, "El Señor" indica a Dios en toda su gloria y trascendencia, mientras que las palabras "Su Espíritu" se refieren al propio Espíritu de Dios que se movió sobre el profeta y le habló.