[3][4] Es miembro de la ejecutiva del PNV en Fuenterrabía, y también estuvo afiliada a Euzko Gaztedi.
Eider Mendoza es hija de madre azcoitiana y padre azpeitiano.
Su pasión por la política le venía de familia, en particular de su madre, y con 16 años se afilió a la organización juvenil jelzale EGI.
Mientras cursaba sus estudios, realizó prácticas en empresas de España, Francia e Inglaterra.
Ha ejercido durante tres legislaturas como parlamentaria del grupo Nacionalistas Vascos, hasta 2011.
VII Legislatura (2001-2005) Llegó al parlamento Vasco en sustitución de Idoia Zenarrutzabeitia.
VIII Legislatura (2005-2009) Al inicio de la octava legislatura, fue parlamentaria del grupo Eusko Alkartasuna, hasta que pasó de nuevo al grupo del PNV en 2006.
Asimismo, durante la VIII Legislatura perteneció a la comisión de investigación sobre las irregularidades detectadas en el Museo Balenciaga.
Sin embargo, pasó a formar parte del gobierno foral y fue sustituida por Elixabete Murua en las Juntas Generales de Guipúzcoa.
En noviembre de 2020, el diputado general Markel Olano reestructuró el gobierno foral y nombró a Mendoza primera teniente de diputada general.
Se convirtió así en la primera mujer presentada por el PNV para este cargo.