Ese mismo año, Thomas Howard, III duque de Norfolk tomó por el resto del año la tutela de Edward Stanley, lo que aprovechó para casarle, sin el permiso del rey, con su hija, Katherine Howard.
Permaneciendo firme, Norfolk arregló un nuevo matrimonio ente su medio hermana, Dorothy Howard, y Edward Stanley, con quien sí tuvo descendencia: En 1532, Edward acompañó a Enrique VIII a Boulogne, donde se reunió con Francisco I de Francia.
Pocos años después, Edward tuvo un rol importante en la Peregrinación de Gracia, una rebelión católica iniciada en Lincolnshire y extendida por el norte de Inglaterra.
Un año después, se presentaron cargos contra él con poca o ninguna prueba, principalmente por oponerse a la reforma clerical.
De cualquier forma, cuando la reina María ascendió al trono, supo ganarse el favor de la nueva soberana, que le llegó a incluir en su Consejo Privado.