[2]​ Hijo de un emigrante griego,[3]​ estudió en Bates, donde se graduó magna cum laude en Filosofía en 1953,[4]​ y en Columbia, donde se doctoró en 1965.

En 1961 había comenzado sus investigaciones en Madrid con una beca Fulbright.

Entre 1975 y 2000 fue presidente del comité cultural del Queen Sofía Spanish Institute de Nueva York.

Malefakis, Premio Internacional Elio Antonio de Nebrija —concedido por la Universidad de Salamanca— en el año 2000, estaba asociado al Instituto Universitario de Investigación Ortega y Gasset.

En 2004, fue miembro del comité de expertos, junto con Federico Mayor Zaragoza y Juan Pablo Fusi, entre otros, encargado por el Gobierno de España para asesorarle sobre los polémicos «papeles de Salamanca»[5]​ y que, con el voto a favor de 14 de los 17 miembros del comité, y la abstención de los demás miembros, recomendó devolver a la Generalidad de Cataluña los documentos incautados durante la guerra civil española.