Fue uno de los llamados «cuatro coroneles» que tenían el mando efectivo del GOU, junto con Juan D. Perón, Emilio Ramírez y Enrique P.

Tras estos hechos asume como ministro de Guerra, quedando virtualmente a cargo del país, ya que el presidente Edelmiro J. Farrell había perdido todo poder.

En este cargo Ávalos, se movió con lentitud y poca eficacia para consolidar su propio poder.

Mientras esto ocurría, la sociedad argentina se polarizaba: amplios sectores de la sociedad pedían que la presidencia se entregue a la Corte Suprema y luego un rápido llamado a elecciones, mientras que otros sectores, junto con los militares, querían que Farrell continúe como presidente y lograr un paso a elecciones más ordenado, para evitar un final humillante de la Revolución del '43.

Así estas movilizaciones obreras lograron que Perón recuperara su libertad, impusiera sus términos al ministro de Guerra, se ratificara a Farrell como presidente, cesaran tanto Ávalos como Álvarez en las funciones ministeriales, y se acordara un nuevo gabinete entre Farrell y Perón, con hombres leales a este último.