[2]​[5]​ En la década de 1960 comenzó su actividad empresarial que ha abarcado los sectores pesquero, constrrucción y agrícola.

[2]​[5]​ En 1988 asumió como consejero nacional del Partido Demócrata Cristiano (PDC) y en 1989 lideró la campaña al Senado de Eduardo Frei Ruiz-Tagle.

Su cercanía con el Ejército fue un factor que jugó a favor para que el presidente Eduardo Frei Ruiz-Tagle (amigo personal suyo por la cercanía de sus padres) lo designara ministro de Defensa en 1994.

A diferencia de su antecesor Patricio Rojas, Peréz Yoma desarrolló buenas relaciones profesionales y personales con Pinochet, llegando a un acuerdo para que el sucesor en el mando fuera Ricardo Izurieta.

[6]​ Al interior del Gobierno se vio enfrentado al ministro de Obras Públicas, Ricardo Lagos, por la negativa de éste a firmar la creación de Punta Peuco, una cárcel construida especialmente para recluir a militares condenados por violaciones a los derechos humanos, cuyos primeros ocupantes fueron el general Manuel Contreras y el brigadier Pedro Espinoza por el asesinato del excanciller Orlando Letelier.

Edmundo Pérez Yoma, sin embargo, nunca tuvo participación accionaria ni relación comercial con COPEVA.

Aunque se le ha atribuido participación en la reducción del área de protección,[20]​ ello no aparece sustentado en hechos.