Esta llegó con Alfonso VIII, quien después de tomar la ciudad estableció su residencia en ella durante unos años.

Sin embargo, no será hasta la cesión del Castillo por Real Cédula de Felipe II, en 1574, cuando se inicien las obras que tendrán como consecuencia la edificación de la Cárcel y Tribunal y su ocupación por los inquisidores, desde 1583.

Este intelectual que tuvo una participación activa en las controversias médicas que hubo en España, desde mediados del siglo XVII hasta bien entrado el siglo XVIII, quedó magníficamente retratado por Francisco de Goya en uno de sus grabados: Zapata, tu gloria será eterna.

Sin embargo, la actuación española no es desdeñable a la hora de valorar el estado en que quedó la cárcel, según Mateo López, arquitecto: El edificio de las casas del Tribunal, arruinado y destruido en mucha parte de él por las tropas francesas, y en algo por las españolas.

A lo largo del siglo XIX se sucederán varias reformas de la cárcel.

Los autores del proyecto arquitectónico, Enrique Álvarez-Sala Walther y Carlos Rubio Carvajal, aplicaron técnicas puramente reconstructivas, resultando un edificio que se inserta perfectamente en el caso histórico de la ciudad.

[3]​ En el año 2007 fue premiado como la mejor obra rehabilitada en Castilla-La Mancha en los últimos veinte años.