La DGPGE fue creada en la reforma gubernamental de finales de 2016 llevada a cabo por el presidente Mariano Rajoy.

[2]​ La última reforma se llevó a cabo en 2020, durante el mandato de Isabel Celaá.

Celaá sustituyó la subdirección encargada de las competencias de educación exterior y relaciones internacionales por la Unidad de Acción Educativa Exterior y desligó la Subdirección General de Programación, Gestión y Control del Fondo Social Europeo en el Ámbito Educativo en dos nuevas subdirecciones, la Subdirección General de Fondo Social Europeo en el Ámbito Educativo y la Subdirección General de Centros, Inspección y Programas, esta última asumiendo las funciones inspectoras y sobre la gestión de centros educativos que antes poseía la Dirección General de Evaluación y Cooperación Territorial.

[3]​ La Dirección General de Planificación y Gestión Educativa tiene bajo su dependencia los siguientes órganos:[4]​ La Dirección General de Planificación y Gestión Educativa tiene un presupuesto asignado de 2 662 880 560 € para el año 2023.

De acuerdo con los Presupuestos Generales del Estado para 2023, la DGPGE participa en diez programas: