La Dirección General de Fondos Europeos, también conocida por su nombre tradicional Dirección General de Fondos Comunitarios (DGFC) se creó en mayo del año 2000 bajo la denominación de Dirección General de Fondos Comunitarios y Financiación Territorial.

[1]​ Originalmente se componía de seis subdirecciones generales.

[4]​ Desde entonces este órgano directivo ha aumentado en competencias y estructura hasta llegar a la actual, sobre todo por los cambios legislativos en la Unión Europea, destacando la reforma de 2014[5]​ y la 2017 que modificó la denominación por la actual «de Fondos Europeos» y creó una nueva subdirección general.

[6]​ En 2020 se adscribió a la nueva Secretaría General de Fondos Europeos.

[8]​ Sus funciones se regulan en el Artículo 23 del Real Decreto 206/2024, de 27 de febrero, y sus funciones son:[9]​ Las funciones anteriormente mencionadas son ejercidas por los órganos que forman la estructura del órgano directivo, siendo éstos:[9]​ El director general de Fondos Europeos es el vicepresidente primero del Consejo Rector de Incentivos Regionales.