La Diputación estaba compuesta por un reducido número de miembros (diputados) elegidos por los estamentos antes de disolverse las Cortes.
Su principal función como comisión permanente consistía en fiscalizar el cumplimiento de los acuerdos y recaudar y administrar los impuestos previamente acordados procedentes sobre todo de las alcabalas, tercias y encabezamientos.
Más adelante, también llegó a administrar el impuesto de millones.
Las Cortes van languideciendo por falta de convocatorias hasta que desaparecieron a mediados del siglo XVII, con lo que la diputación pasa a integrarse en la Cámara de Millones.
Tanto en las Cortes de Cataluña que inició el sistema en 1359, como en las Cortes de Aragón, Valencia y Navarra también hubo diputaciones, con un funcionamiento muy similar.