Durante el gobierno de Alberto Fujimori se destacó por su posicion oficialista[2][3][4] descubriéndose posteriormente que sus directivos habían vendido su línea editorial a dicho régimen.En esta nueva etapa, tuvo por jefes de redacción a Efraín Ruiz Caro y Guillermo Cortez Núñez.Entre sus colaboradores figuraron Ciro Alegría, Carlos Cueto Fernandini, Manuel Mujica Gallo y Mario Vargas Llosa.[13] Ulloa, que había sido un importante ministro del derrocado Gobierno belaundista, optó por no volver al Perú.El primer director de Expreso, en esta nueva etapa, fue Guillermo Cortez Núñez (1980-1988), que fue sucedido por Manuel D'Ornellas (1988-1998).[18][19] En 2002, entró en funciones una nueva organización bajo la dirección de Luis García Miró, cuyo objetivo era recuperar el prestigio del diario.[21] En los últimos años del fujimorato, el diario adoptó una línea editorial abiertamente crítica contra la oposición política a Fujimori y sus aliados.[22] Expreso fue miembro del Consejo de la Prensa Peruana (CPP) desde su fundación en 1997 hasta el año 2000, cuando la organización renunció a su membresía supuestamente por discrepancias políticas.[32] Además, Expreso llegó a acusar a La República de presuntamente tener una cobertura favorable al expresidente Alejandro Toledo, argumentando que «[este y otros] medios […] venden (su editorial) [de la misma forma] como hizo [su director] Gustavo Mohme entregándole sus páginas al actual gobierno».[41] Al año siguiente, la Fiscalía identificó a Uri Ben Schmuel como presunto autor de las notas periodísticas contra Ugaz.[42] En 2022 el Poder Judicial absolvió a Ugaz luego de que un demandante sustentó al diario Expreso para tomar acciones legales.
