En 1566 el almirante otomano Pialí Bajá capturó Quíos, existiendo una población de 3500 genoveses en la isla.

Esta colaboración duró hasta finales del siglo XVII.

En 1668 la isla de Quíos estaba habitada por 40 000 personas, incluidos 6000 católicos.

El número de católicos siguió cayendo drásticamente durante los dos siglos siguientes.

[1]​ Desde 1939 la diócesis ya no tiene su propio obispo y está gobernada por un administrador apostólico (en su mayoría, los arzobispos metropolitanos de Naxos).