La diócesis de Mahagi-Nioka (en latín: Dioecesis Mahagiensis-Niokaensis y en francés: Diocèse de Mahagi-Nioka) es una circunscripción eclesiástica de la Iglesia católica en la República Democrática del Congo.
La diócesis tiene 21 000 km² y extiende su jurisdicción sobre los fieles católicos de rito latino residentes en los territorios de Mahagi y Aru en la provincia de Ituri.
La sede de la diócesis se encuentra en la ciudad de Mahagi, en donde se halla la Catedral de Nuestra Señora de Lourdes.
La diócesis de Mahagi fue erigida el 2 de julio de 1962 con la bula Quod Venerabiles del papa Juan XXIII, tomando su territorio de la diócesis de Bunia.
Según el Anuario Pontificio 2022 la diócesis tenía a fines de 2021 un total de 1 518 460 fieles bautizados.