La diócesis se deriva de un antiguo asentamiento monástico, fundado por san Mainchín en el siglo VII.Hay noticias ciertas de un obispo recién a principios del siglo XII.Después de la Reforma, la diócesis atravesó un período de sufrimiento: a mediados del siglo XVII, el obispo Edmund O'Dwyer fue condenado a muerte, pero logró escapar al extranjero y murió exiliado en Bruselas.Mientras la sede episcopal estuvo vacante durante mucho tiempo, se puso en vigor una legislación que reprimía el culto católico: se prohibió a los católicos residir en la ciudad y no hubo iglesia católica dentro de los muros hasta 1744.Su sucesor, John Ryan, emprendió la construcción de varias iglesias, incluida la Catedral de San Juan, cuya primera piedra se colocó en 1856.
Antigua catedral católica de Santa María, desde 1651 pertenece a la Iglesia de Irlanda
