La diócesis de Kotido (en latín: Dioecesis Kotidoensis, en inglés: Roman Catholic Diocese of Kotido) es una circunscripción eclesiástica de la Iglesia católica en Uganda.
La diócesis tiene 13 550 km² y extiende su jurisdicción sobre los fieles católicos de rito latino residentes en los distritos de Kaabong, Kotido y Abim en la región Septentrional.
La sede de la diócesis se encuentra en la ciudad de Kotido, en donde se halla la Catedral del Buen Pastor.
La diócesis fue erigida el 20 de mayo de 1991 con la bula Florem Africanae del papa Juan Pablo II, obteniendo el territorio de la diócesis de Moroto.
Según el Anuario Pontificio 2020 la diócesis tenía a fines de 2019 un total de 193 010 fieles bautizados.