Clogher fue una de las primeras sedes fundadas por san Patricio, quien nombró a Mac Cairthind (Macartan) como el primer obispo allí en 454.El ministerio pastoral se encomendó principalmente a franciscanos y dominicos, que recorrieron el campo, donde los campesinos irlandeses, en su mayoría despojados de sus tierras por protestantes adinerados, permanecieron fieles al catolicismo.En este período muchos sacerdotes fueron objeto de la justicia: quedan romances y leyendas populares que hablan de sacerdotes condenados a muerte.A menudo, en este período, la sede permaneció vacante y administrada por vicarios apostólicos.Entre los obispos más conocidos de Clogher estaba Hugh O'Cervellan, quien comandó el ejército confederado católico contra los ingleses.
Catedral de San Macartan, en Clogher, desde 1610 en poder de la Iglesia de Irlanda
