Fue beatificado en 1920 y canonizado en 1975, convirtiéndose así en el primer nuevo santo irlandés en casi setecientos años.

Fue admitido en el Irish College de Roma y demostró ser un alumno capaz.

Mientras tanto, Oliver Cromwell había conseguido poner fin a la guerra y sofocar totalmente el levantamiento confederado (1649-1653), derrotando totalmente la causa católica; tras la victoria de Cromwell, se prohibió la práctica pública del catolicismo y el clero católico fue ejecutado.

Tras su llegada a Irlanda, abordó la embriaguez entre el clero, escribiendo: "Eliminemos este defecto de un sacerdote irlandés y será un santo".

Su ministerio fue exitoso y se dice que confirmó a 48.000 católicos en un período de 4 años.

Tras la promulgación de la Test Act en 1673, a la que Plunkett se opuso por razones doctrinales, el colegio fue cerrado y demolido.

El arzobispo Peter Talbot de Dublín fue arrestado y Plunkett volvió nuevamente a esconderse.

[4]​ Plunkett no presentó objeciones a ser juzgado por un jurado formado exclusivamente por protestantes, pero el juicio fracasó pronto, ya que los testigos de la acusación eran hombres también buscados por la ley y temían presentarse ante el tribunal.

El primer gran jurado no pudo emitir un veredicto de culpabilidad, pero tampoco fue puesto en libertad.

Se elevaron numerosas peticiones de clemencia, pero Carlos II, aunque era un criptocatólico reputado, [7]​ pensó que era un riesgo político otorgar el perdón a Plunkett.

El rey, que solía ser un hombre templado, se volvió furioso contra Essex y le dijo: "su sangre caiga sobre tu cabeza; podrías haberlo salvado pero no lo hiciste, yo lo salvaría y no me atreveré".

Entre ellos se encontraban el arzobispo Dermot O'Hurley, Margaret Ball y los mártires de Wexford .