Con la riada desaparecieron tres bateles, dos trainerillas, dos doble scull, un coche, remos y otro tipo de material deportivo.
Ese año el club afrontaba la temporada con 24 remeros sénior, 15 juveniles, 15 cadetes y 6 infantiles.
[12] Para la temporada 1990 el club decidió fusionarse con Portugalete para tener una trainera más competitiva, ya que disponían de varios remeros jóvenes.
[14] En 1991 volvieron a competir exclusivamente con el nombre del club, obteniendo el mejor puesto en la primera regata de la temporada, en la Bandera Compresores ABC.
[17][18] En la temporada 1996 mantuvieron el nivel de años anteriores, pero en 1997 y 1999 no pudieron completar el equipo para competir en traineras.
[23] Al año siguiente siguieron con dicha fusión, siendo 15.º en la Liga Federativa, solo por delante de Camargo, Laredo, Ur-Joko y Pontejos.
[26] En su segunda temporada en la liga finalizaron en sexto lugar con 62 puntos, por delante de Guecho, Colindres, Hibaika y Raspas.
[27] Su mejor resultado fue un tercer puesto en la Bandera Ría del Asón, solo por detrás de Busturialdea y Castro B.
[29] Para la temporada 2009 el club fichó como entrenador a Peio de Vega para afrontar un año más la liga ARC-2.
Su mejor posición del año fue en la primera regata de la liga, en el Gran Premio Metro Donostialdea - Sari Nagusia, donde fueron quintos.
En la ARC-1 Orio ganó todas las regatas, y Deusto fue último con 23 puntos, por lo que descendió de división.
[38] En la clasificatoria para participar en la Bandera de la Concha obtuvieron su mejor resultado histórico tras finalizar en 13.er lugar.
[44] La trainera masculina volvió a disputar la liga ARC-1, finalizando en sexto lugar tras Ondárroa, Donostiarra, Guetaria, Isuntza y Pedreña.
[47] En verano volvió a participar en la Liga Guipuzcoana, adjudicándose la regata no puntuable de El Correo y finalizando en sexto lugar en la clasificación general.
[51] Participaron nuevamente en la ARC-1, finalizando en sexto lugar, siendo su mejor puesto el tercero en dos ocasiones, en Zumaya y en la bandera del Camping Aritzaleku.
[57] Sin embargo, en la segunda jornada no pudo obtener la bandera al finalizar en quinto lugar.
Finalmente Ares y Zarauz obtuvieron las dos plazas de ascenso, relegando a Deusto al tercer lugar.
En categoría femenina no se adjudicaron ninguna bandera y finalizaron en quinto lugar la liga.
[64] Por su parte, la trainera masculina cambió de entrenador, fichando para este año a Alexander Esteban.
[65] Ganaron en la Bandera ARC disputada en Guecho, aunque terminaron la liga en cuarto lugar tras Pedreña, San Pedro y Getaria.
[69] Los agricultores de las localidades vecinas acudían a Deusto por la fama que habían adquirido estos tomates.
[74] En 2018 el Ayuntamiento decidió reestructurar la zona y la península fue destruida para crear la isla de Zorrotzaurre.
[76] Desde julio de 2018 las nuevas instalaciones fueron utilizaron por el club,[74] pero la inauguración oficial se realizó en septiembre del mismo año.
Frente al club se colocó la escultura de bronce "Patroi", del artista Leonardo Lucarini.